Premier prix du Conservatoire Royal de Bruxelles, diplôme de licence à l’Institut de Musique et de Pédagogie de Namur, diplôme de Spécialisation au Conservatoire de Région de Strasbourg et diplôme de formation supérieure au Conservatoire National Supérieur de Paris, ses maîtres sont Benoît Mernier, Jean Ferrard, Christophe Mantoux, Michel Bouvard et Olivier Latry.
Lauréate de la Fondation Rotary, de la Fondation de la Vocation, du fonds Wernaers et de la Fondation de Lacour, Premier prix du Concours National Axion Classics 2000 (Belfius), elle est « artiste en résidence » en 2008-2009 au Sapporo Concert Hall (Japon).
Cindy Castillo se distingue sur la scène de l’orgue avec des programmes qui explorent les croisements possibles entre son instrument et d’autres langages artistiques tels que la danse, le cinéma, la vidéo ou la musique électronique.Elle travaille également en relation avec des compositeurs d’aujourd’hui comme Jean-Pierre Deleuze, Claude Ledoux, Pierre Slinckx et Maxime Denuc. Ses derniers enregistrements discographiques mettent en valeur les créations de ceux-ci.
Productrice pendant cinq années à la radio Musiq3 notamment pour l’émission « Le Rendez-vous des Musiciens », elle a été coordinatrice du festival « This is not a Pipe… Organ Festival » en février 2017 pour l’association « Bruxelles Ses Orgues ». Elle est organiste titulaire à la Basilique Nationale du Sacré-Coeur à Bruxelles depuis 2011.
Depuis 2014, Cindy Castillo enseigne l’orgue à l’IMEP (Namur) dans le cadre d’un nouveau projet pédagogique baptisé « OrgueStudio ».
Plus récemment Cindy Castillo a initié un nouveau projet intitulé Lab’Organetto créé autour de l’orgue portatif, l’une des plus petites déclinaisons qui soit de l’orgue, issu de la période médiévale. Véritable laboratoire nomade, son orgue portatif va permettre aux compositeurs en tous genres de s’approcher de l’instrument-roi.