Né en Allemagne en 1952, Reinhard Goebel étudie auprès de Franzjosef Maier, puis plus tard de Saschko Gawriloff à la « Folkwangschule » à Essen ; il fait ensuite des études chez Eduard Melkus à Vienne et Marie Leonhardt à Amsterdam. À l’université de Cologne, Reinhard Goebel suit des études de musicologie. C’est là qu’il acquiert son extraordinaire connaissance du répertoire.

En 1973, il fonde son ensemble Musica Antiqua Köln, connu pour ses interprétations révolutionnaires de musique baroque sur instruments anciens. Depuis de nombreuses années, « l’école de Cologne » est devenue un lieu incontournable pour les violonistes baroques.

Avec son ensemble Musica Antiqua Köln, il enregistre d’innombrables œuvres connues et inconnues. Il obtient très tôt un contrat exclusif avec la firme « Archiv Produktion » de la Deutsche Grammophon. Sous cette marque, il enregistre la littérature orchestrale et pour violon de Johann Sebastian Bach, les Sonates du Rosaire de Heinrich Ignaz Franz Biber, de nombreuses œuvres de Georg Philipp Telemann, Johann David Heinichen, Johann Rosenmüller, Johann Pachelbel, Francesco Maria Veracini, Dietrich Becker et bien d’autres.

En 2006, Goebel cesse ses activités de violoniste et de directeur artistique de Musica Antiqua Köln. Depuis lors, il dirige des orchestres modernes, en les amenant à se familiariser avec le son et l’interprétation de la musique du XVIIIe siècle. À l’automne 2010, Reinhard Goebel est nommé professeur d’interprétation historique au Mozarteum de Salzbourg, où il succède pour ce poste à Nikolaus Harnoncourt. Il collabore avec des solistes, chorales et orchestres de renommée mondiale pour les conseiller dans la pratique de l’interprétation historique de la musique ancienne et le choix des œuvres.

Le BBC Music Magazine l’a choisi en 2015 comme l’un des vingt meilleurs violonistes de tous les temps. La ville de Leipzig, qui l’honore chaque année depuis 2003, lui a décerné en 2017 une médaille Bach pour ses travaux autour du compositeur.